Dati genetici raccolti per studiare il tumore della prostata contenevano una seconda informazione rimasta finora poco sfruttata: le tracce di microrganismi presenti nei campioni. Analizzandole, ricercatori dell’University of East Anglia hanno ricostruito i progetti genetici di 18 specie batteriche non descritte in precedenza.
Lo studio, pubblicato su npj Biofilms and Microbiomes, ha recuperato genomi da sequenze ottenute in saliva, tessuto tumorale e sangue di pazienti con carcinoma prostatico. Il punto metodologico è rilevante: il materiale era già disponibile e non è stato necessario effettuare nuovi prelievi.
Quando si esegue il sequenziamento dell’intero genoma umano, una parte delle letture non appartiene al paziente. Questi frammenti vengono spesso trattati come rumore tecnico. Il gruppo ha invece utilizzato strumenti bioinformatici per separare, assemblare e classificare il DNA microbico nascosto tra i dati umani.
Molti dei batteri ricostruiti sembrano provenire dalla bocca. Tra i gruppi identificati compaiono nuove varianti vicine a Porphyromonas e Treponema. Alcune specie di questi generi erano già state associate in ricerche precedenti a forme più aggressive di tumore prostatico, ma un’associazione non dimostra che siano la causa della malattia.
La scoperta delle 18 specie amplia il catalogo del microbioma presente nei campioni oncologici. Disporre di genomi più completi permette di progettare analisi mirate, distinguere organismi simili e verificare se certe funzioni batteriche ricorrono più spesso nei pazienti con particolari caratteristiche cliniche.
Restano molte spiegazioni alternative. I batteri potrebbero contribuire all’infiammazione, sfruttare un ambiente modificato dal tumore oppure essere semplici passeggeri senza effetto sulla progressione. Anche contaminazioni introdotte durante prelievo, lavorazione o sequenziamento devono essere escluse con controlli rigorosi.
Per stabilire un nesso causale serviranno studi prospettici, campioni indipendenti e verifiche sperimentali. Bisognerà osservare se i microrganismi precedono la comparsa o l’aggressività della malattia, se producono molecole capaci di modificare i tessuti e se la loro rimozione cambia davvero l’evoluzione del tumore.
Il metodo può avere un valore più ampio del singolo carcinoma. Milioni di sequenziamenti umani conservati nei database potrebbero contenere informazioni su virus, batteri e altri microrganismi. Rianalizzarli consente di ottenere nuove conoscenze senza ripetere interamente la raccolta dei campioni, purché consenso e regole d’uso dei dati lo permettano.
Non esiste al momento un test clinico basato su queste 18 specie e lo studio non giustifica antibiotici, probiotici o altre terapie fai da te. Intervenire sul microbioma senza sapere se un organismo sia dannoso, protettivo o neutro potrebbe produrre effetti opposti a quelli desiderati.
La novità è quindi una piattaforma di ricerca, non una cura. Trasformare ciò che sembrava rumore in genomi batterici utilizzabili apre una strada per capire meglio l’ambiente biologico del tumore della prostata e, in prospettiva, individuare marcatori o meccanismi finora invisibili.
Il prossimo passaggio sarà confrontare questi genomi con campioni di controllo e verificare se la loro presenza si ripete in laboratori, popolazioni e fasi cliniche differenti.